Untuk periode Januari-Maret 2010, SD hingga SMP di Kepulauan Seribu yang jumlahnya mencapai 20 sekolah dengan 3.942 murid menerima Bantuan Operasional Sekolah (BOS) sebanyak 439 juta. Seperti dikutip dari situs resmi Dinas Pendidikan DKI Jakarta, dana sebesar itu masing-masing dialokasikan Rp. 280.380.000 untuk SD dan SMP di Kepuluan Seribu Utara dan Rp. 159.606.250 di Kepulauan Seribu Selatan. Untuk siswa SD masing-masing mendapat Rp. 99,250 dan Rp. 142,500 per tiga bulan.
Alokasi terbesar sekolah dasar di lingkungan Kepulauan Seribu Utara diperoleh SDN Pulau Kelapa sebesar Rp 41.188.750 dengan jumlah murid 415 dan SDN Pulau Untung Jawa di Kepulauan Seribu Selatan sebanyak Rp 22.926.750 dengan jumlah 231 siswa. Untuk tingkat SMP di lingkungan Kepulauan Seribu Utara diterima SMPN Pulau Harapan Rp. 56.572.500 dengan 397 dan Rp. 37.905.000 untuk SMPN 241 Pulau Tidung Kepulauan Seribu Selatan dengan 266 siswa.
Dana BOS merupakan program pemerintah yang ditujukan untuk mengimplementasikan UU No 20 Tahun 2003 tentang Sistem Pendidikan Nasional yang mengamanatkan agar warga negara berusia7-15 tahun wajib mengikuti pendidikan dasar. Program ini dikomandoi Departemen Pendidikan Nasional. Sedangkan penyaluran, penggunaan, dan pertanggungjawabannya dilaksanakan secara terpadu oleh para pihak terkait mulai dari menteri hingga kepala sekolah pada sekolah-sekolah yang berhak menerima dana BOS.
Dana BOS diperuntukan untuk kegiatan-kegiatan seperti penerimaan siswa baru, pembelian buku teks pelajaran dan buku referensi untuk dikoleksi diperpustakaan, pembelian bahan-bahan habis pakai, pengembangan profesi guru, atau biaya perawatan sekolah. Dalam Panduan pelaksanaan, dana BOS tak boleh digunakan untuk disimpan dalam jangka waktu lama dengan maksud dibungakan; dipinjamkan ke pihak lain; membiayai kegiatan yang tidak menjadi prioritas sekolah dan memerlukan biaya besar seperti studi banding, studi tur dan sejenisnya; membayar bonus, transportasi, atau pakaian yang tidak berkaitan dengan kepentingan murid, membangun gedung atau ruangan baru. Dana Bos tak boleh digunakan segala jenis kegiatan yang sudah dibiayai penuh atau mencukupi dari sumber dana pemerintah pusat atau daerah, misalnya guru kontrak atau guru bantu dan kelebihan jam mengajar (puloseribu/puser)